В соответствии с пп.7 п.2 ст.149 Налогового кодекса РФ не подлежит налогообложению (освобождается от налогообложения) реализация (а также передача, выполнение, оказание для собственных нужд) на территории РФ услуг по перевозке пассажиров:
— городским пассажирским транспортом общего пользования (за исключением такси, в том числе маршрутного).
ФНС в своем письме № СД-4-3/21122@ от 08.11.16 рассмотрела вопрос налогообложения НДС операций по реализации услуг по перевозке пассажиров по маршрутам регулярных перевозок, в том числе в пригородном сообщении, с посадкой и высадкой пассажиров в любом не запрещенном правилами дорожного движения месте. В письме также ссылается на ст. 149 НК РФ, где исключаются из освобожденных от налога услуги такси.
Если ООО осуществляет деятельность по оказанию транспортных услуг, а услуги такси именно к таковым и относятся, и при этом привлекает к оказанию этой деятельности другие компании или частных лиц, то налоговая инспекция вполне закономерно будет считать, что это организаций транспортных услуг. Доходы от деятельности по организации перевозок с учетом соответствующих расходов подлежат налогообложению по общей системе налогообложения, следовательно, требуется оплата НДФЛ и НДС, их неоплата ведет к пени и штрафам.