Вы должны были подать только одну декларацию. В нее вписать и доходы, облагаемые налогом, и сумму налогового вычета. Формировать две разные декларации было не нужно.
Что произошло?
Налоговая приняла первую декларацию и начислила налог к уплате. Потом вы подали вторую декларацию. В результате первая была полностью аннулирована и налоговая зафиксировала вторую - с вычетом.
Итог - налоговая так и не получила правильную декларацию.
Как исправить?
Нужна третья декларация в которой будет указан как облагаемый доход, так и вычет. В графе "Номер корректировки" нужно поставить цифру 2. В результате все ваши предыдущие отчеты будут аннулированы и зафиксированы верные данные по последней декларации.