Привет!
Справка одна, но в ней ложна быть пометка или штамп о годности к управлению самоходными машинами. Нужен он потому, что отличаются требования по прохождению медкомиссии для управления обычными авто и трактором. При прохождении медкомиссии надо обязательно сказать, что вы хотите получить справку для управления автомобилем категории В и трактором.
В вашем случае понадобится сразу две справки, по-другому не обойтись, так как вы используете сразу два учреждения. Вам понадобится сразу два документа, чтобы поменять и отучиться на водительские права. Чтобы ускорить процесс получения медсправки, рекомендую ознакомиться http://medkomspb.biz/