нужно набрать 80% вакцинированных для отчета. А те кто переболел официально с больничным можно отразить в отчет? или они будут в 20%?

Они будут в 20%. Была такая проблема у знакомых в те времена, когда компании обязывали привить 60% персонала. Оформлено, к примеру, 10 человек. 5 человек сделали прививку, а 5 человек имели метотводы. Как получить 60% привитых, если только 50% получается? А никак! На сайте госуслуг (где компания числится) данные подтверждается (зелёная галочка) только в том случае, когда привито 60%.
Что делать?
Ничего!
У компании 5 человек официально привито, а другие 5 человек имеют официальные метотводы. Если приходит проверка, то эти данные нужно показать. И проблем никаких не будет.
Это - данные от государственных структур.