Инесса, здравствуйте!
Вопрос избрания (назначения) нового генерального директора должны решать участники общества.
Для этого должно быть проведено внеочередное общее собрание, оформлено заявление по установленной форме и с документами подано в налоговую.
До получения документов о назначении нового руководителя у налоговой службы есть обязанность внести в ЕГРЮЛ запись о недостоверности сведений о единоличном исполнительном органе ООО (генеральном директоре).
То что такая запись в реестре отсутствует говорит о том, что сведения о смерти прежнего директора налоговая еще не получила.
Но вносить запись о смене по собственной инициативе налоговая не имеет права.