Добрый день!
Основные причины плохой работы МКПП:
плохо отрегулирована кулиса МКПП;
неисправность привода сцепления (не полностью выключается);
дефект механизма выбора передач КПП (дефекты шестерней, подшипников и синхронизаторов);
Так или иначе, на колнеке это исправить сложно, нужен хороший спец!