Незнакомое юрлицо присылает деньги маленькими суммами на расчетный счет моего юрлица. В назначении указан несуществующий договор. Зачем?

Будьте осторожны, возможно это мошенники. Одна из мошеннических схем, когда на расчетный счет присылаются деньги, а затем подается исковое заявление в суд о взыскании неосновательного обогащения.

Будем надеяться, что в Вашем случае всё происходит без какого-то умысла, а только по-случайности..