Почему не выключается внешний HDD, при отключении от телефона, посредством OTG, написано "диск извлечён", но сам диск продолжает крутиться?

Диск крутится тк на него поступает питание. Он вращается по умолчанию при подключении питания и не важно подключён он программно или нет. Вы просто отключаете передачу данных, а сам диск остаётся подключённым.