Если файлы после форматирования остались видимы в стандартном Проводнике или файловом менеджере, то скорей всего у вас несправен контроллер флешки. Решение: С помощью программы ChipGenius определите вид контроллера. Через гугл найдите утилиту для низкоуровнего форматирования для этого контроллера. Следуйте инструкциям программ.
В случае, если вы имели в виду, что файлы можно восстановить спец. программами, то используйте Eraser или CCleaner (можно удалить файлы без возможности востаноаления)