Не могли бы вы посоветовать игры с особой атмосферой, уникальные в своем роде, без аналогов в своем жанре?

Эх, почти все хорошие игры уже упомянули.
Что ж, пожалуй, хочу еще посоветовать мои любимые игры от геймдизайнера Американа Макги. Не могу, конечно, сказать, что у них нет аналогов (практически у всего они есть), но лично для меня они являются особенными и оказали на меня большое влияние.

Итак, если для вас большее значение имеет именно атмосфера и сюжет, то не пугайтесь графики в American McGee's Alice, всё таки игра уже очень старая (~2001 год). НО! Она того стоит. 
Далее за меня лучше скажет Википедия: "Сюжет игры основан на сказках Льюиса Кэрролла «Алиса в Стране Чудес» и «Алиса в Зазеркалье», однако представлен другим вариантом этой вымышленной вселенной — мрачным, наполненным жестокостью и насилием. В игре рассказывается, как за несколько лет до начала её основной сюжетной линии в доме маленькой девочки Алисы происходит пожар, в котором погибают её родители. Алиса, которая тем временем спала и находилась в «Стране чудес», получает эмоциональную травму, считая себя виноватой в их смерти. После нескольких лет лечения в психиатрической клинике, не давших результата, девочка вновь попадает в «Страну чудес», но уже обезображенную её травмированной психикой."
(А еще там потрясающий Чеширский кот, вы обязательно его полюбите)

В 2011 году вышло сюжетное продолжение - Alice: Madness Returns, и лично мне оно понравилось даже больше первой части. Чего стоят только нереально красивые сюрреалистичные миры, по которым мы путешествуем.

Так же хочется отметить серию игр всё от того же Американа Макги:
Grimm.
В ней 23 эпизода по мотивам литературных адаптаций европейских сказок (братьев Гримм и Шарля Перро). Игрок управляет злобным карликом по имени Гримм, который, не перенося добрые сказки и сомневаясь в их морализаторских функциях, старается изменить сказочный мир таким образом, чтобы тот больше подходил к мрачному содержанию истории.
Проще говоря, бегаем по сказочным цветочным полянам и портим их, превращая в нечто гадкое. Самое то, когда плохое настроение.

Ну и напоследок хочу упомянуть игру уже не от Макги.
The Path.
Очень необычна и атмосферна, как по мне. Так же основана на сказке (Красная шапочка).
Игрок выбирает одну из шести сестёр, которые по поручению своей матери отправляются навестить их больную бабушку и по дороге сворачивает в лес. А там уже их ждут совсем разные судьбы, но все они, к сожалению, печальны. Однако сюжет и концовки игроку придется расшифровывать и трактовать, основываясь на собственных догадках, потому что всё в игре строится на символизме и не объясняется напрямую.