Вычет - это уменьшение вашего дохода. Когда вам предоставляют вычет, то доход становится меньше. Уменьшается и сумма налога, которую вы должны платить. Если налог с вас удерживали без учета вычета, то появляется переплата по налогу, которую обязан вернуть бюджет.
Соответственно вычет никак не связан ни с увольнением, ни с подачей декларации. Важно удерживался с вас налог или нет. Если нет, то и возвращать вам нечего. Если да, то сумму переплаты обязаны вернуть. И не важно когда вы подали декларацию и когда уволились.