Пока ничего.
Если вы бегаете что называется "трусцой", а не начали с "полумарафона" (очень частая ошибка новичков - "вау! моя первая пробежка! и сразу 10 км! круто!") и планомерно увеличиваете нагрузку, разминаетесь, тянетесь после и не бегаете в лакированых туфлях - то у вас все нормально. Побаливать будет. И не только колени. Спина. Руки. Шея. Ваш организ адаптируется к нагрузкам.
НО! Прислушиваться к ощущениям необходимо. Если дискомфорт усиливается и превращается в боль - прекратите тренировки, обратитесь к врачу за консультацией. Если есть возможность пройдите обследование на "пригодность" к бегу, сходите в профильный магазин где вам проверят пронацию и порекомендуют вам подходящую вашей стопе обувь.
Но повторюсь - пока это ничего не значит, кроме того что организм адаптируется к нагрузке.
Не уверен, что гарантировано ничего не значит.
При адаптации к нагрузкам суставы болеть не должны. Только если сухожилия.