На работе конфликт. Будет ли отступление считаться признаком низкой самооценки или показателем проработанного эмоционального интеллекта?

Не существует однозначно правильного поведения. Все зависит от того, насколько выбор этого поведения осознан, и насколько само поведение полезно для данного человека и для коллектива в целом.
Т.е. если человек все взвесил и решил отступить, потому что это более целесообразно (хотя легко мог бы продолжать бороться), это будет указывать на высокий эмоциональный интеллект.
Если он поступил импульсивно (например под воздействием тревоги, неуверенности в себе, страха) и навредил этим себе и/или коллективу, то это указывает на эмоциональные проблемы. Не обязательно низкую самооценку.