Святая Инквизиция предназначалась для борьбы с сознательным отклонением от религиозного учения - ересью. И основной функцией инквизиторов была именно следственная. Они выявляли тех, чьи религиозные представления не соответствовали церковным догматам, и определяли, виновны ли эти люди в этой самой ереси. Вслед за представителями различных еретических сект, преследовались колдуны и ведьмы.
Ещё в сферу деятельности Инквизиции с середины XV века входили дела о еврейских погромах, которые ей передал Римский Папа Николай V. Инквизиторам надлежало наказывать погромщиков и предупреждать насильственные действия.