На хостинге вот такие папки. В какую из них загружать файлы сайта? .cagefs, .cl.selector, email, logs, mod-tmp, www, tmp .

Скорее всего - www. Можно ещё глянуть где находится файл-заглушка index.html с контентом, который показывается при заходе на ваш домен. Ещё можно почитать документацию на хостинг, там, как правило, это описывается.