краткий ответ - Python. Все придумано до нас.
Однако для разработки весьма полезны разные фреймворки, которые избавят от рутины, например:
•Torch
•Tensorflow
•Caffe
•Theano
Однако библиотеки все равно написаны на С ;)
Интернет нам подсказывает, что монстрики разработки используют:
Facebook - Lua + Torch
Google - Python + Tensorflow
Microsoft Research - Computational Network Toolkit
А если вы хотите хардкора, и чтобы все на вас оглядывались и думали что вы в большой науке - тогда Matlab.