Если коротко, то можно. Сначала вода, нагреваясь, будет активно отводить тепло от тары, а потом, закипев, в принципе не даст бутылке нагреться выше ста с небольшим (всё-таки теплоотвод не мгновенный) градусов. Мы в своё время кипятили воду в бумажном стаканчике. Не в промышленных масштабах, конечно, но ради науки.