Можно ли утверждать, что три основные христианские конфессии являются единой, святой, соборной и апостольской церковью, но пребывая в поврежденном единстве?

формально, де юре - да, потому что эти церкви обьединяют фундаментальные вещи такие как вера в Христа как Сына Божьего, Спасителя, вера в благодать, в Писания, в обетования и т.д., но де факто мы видим огромное количество барьеров, многие из которых на мой взгляд имеют искусственную,  эгоистичную, плотскую природу.
 И потом, в самих отдельно взятых ветвях существуют тоже своего рода расколы, разделения, междусобойчики - один из них сегодня демонстрирует это очень ярко и очень публично в "Битве Престолов", происходящей в Православном крыле. 

Церковь Христа это тайна и она находится в состоянии процесса - Бог знает Своих и знает способ их обьеденить в свое время. Они могут быть в состоянии разброса, на это есть определенные причины во первых со стороны сил, препятствующих обьединению светлых сил и во вторых, сами светлые силы могут по своей немощи и незрелости демонстрировать своих тёмные, непросвещенные, не освещенные стороны - это тоже разделяет. 

24 Другую притчу предложил Он им, говоря: Царство Небесное подобно человеку, посеявшему доброе семя на поле своем;
25 когда же люди спали, пришел враг его и посеял между пшеницею плевелы и ушел;
26 когда взошла зелень и показался плод, тогда явились и плевелы.
27 Придя же, рабы домовладыки сказали ему: господин! не доброе ли семя сеял ты на поле твоем? откуда же на нем плевелы?
28 Он же сказал им: враг человека сделал это. А рабы сказали ему: хочешь ли, мы пойдем, выберем их?
29 Но он сказал: нет, - чтобы, выбирая плевелы, вы не выдергали вместе с ними пшеницы,
30 оставьте расти вместе то и другое до жатвы; и во время жатвы я скажу жнецам: соберите прежде плевелы и свяжите их в связки, чтобы сжечь их, а пшеницу уберите в житницу мою.
(Матф.13:24-30)

36 Тогда Иисус, отпустив народ, вошел в дом. И, приступив к Нему, ученики Его сказали: изъясни нам притчу о плевелах на поле.
37 Он же сказал им в ответ: сеющий доброе семя есть Сын Человеческий;
38 поле есть мир; доброе семя, это сыны Царствия, а плевелы - сыны лукавого;
39 враг, посеявший их, есть диавол; жатва есть кончина века, а жнецы суть Ангелы.
40 Посему как собирают плевелы и огнем сжигают, так будет при кончине века сего:
41 пошлет Сын Человеческий Ангелов Своих, и соберут из Царства Его все соблазны и делающих беззаконие,
42 и ввергнут их в печь огненную; там будет плач и скрежет зубов;
43 тогда праведники воссияют, как солнце, в Царстве Отца их. Кто имеет уши слышать, да слышит!
(Матф.13:36-43)