На законодательном уровне особенности преимущественного зачисления различных категории граждан на учебу регламентируются статьей 71 Федерального закона от 29.12.2012 N 273-ФЗ об образовании.
В этой статье не идет подразделение на военные вузы и иные. Действительно, можно найти упоминания и про право на прием на подготовительные отделения образовательных учреждений по рекомендациям командиров воинских частей. Таким образом, формальное прочтение законодательства ответов на ваш вопрос прямой не дает и решается в зависимости от конкретных обстоятельств.
Практика складывается несовершенно определенным образом. Рекомендации от военной части будут мало котируемы при поступлении на специальности гражданской направленности. Ситуация, разумеется, иная, если в университете существует определенная договоренность на прием какой-то доли студентов по подобным направлениям/рекомендациям. В целом каждый вуз вправе лавировать в рамках данных правил и учитывать самые различные рекомендательные письма.
В любом случае при отборе абитуриентов на бюджетное зачисление пренебрегать значением рекомендаций не стоит: вполне возможно, что в ситуации при прочих равных условиях данная рекомендация станет решающим фактором. Кроме того, если вы все-таки поступаете в технический вуз, попросите вас рекомендательном письме сделать акцент на навыки, которые могут быть применимы к учебе по выбранному направлению. Как таковая рекомендация (если мы все-таки говорим о рекомендательном письме, характеризующем вас) большого значения при поступлении не имеет, в отличие, например, от направлений, выданных государственными учреждениями и органами, поскольку в таком случае ваше обучение будет финансироваться по иным основаниям либо в отношении вас существует гарантия приема на работу.