Есть 2 варианта получения визы, если шенген заканчивается во время поездки:
Можно получить следующую визу "стык в стык" дат.
Аннулировать предыдущую и получить новую. Обычно консульство, в которую подается запрос на новую визу само аннулирует старую, т.е. обращаться в предыдущее не нужно.
Первый вариант выглядит привлекательнее.