Можно ли сейчас поехать в Германию из России по греческой визе, но отдельными рейсами?

Практика показывает, что внутриевропейские рейсы проверяют редко, но иногда таки проверяют. Так что результат такой поездки будет зависеть от вашего везения: может проскочите, а может развернут.