Можно ли подать на алименты при самоизоляции, если муж работает неофициально и я не знаю где (с нами не живет, развод оформить не успели)?

Конечно можно. Нынешняя ситуация не отменяет обязанностей по уплате алиментов. Отсутствие информации о месте жительства Вашего супруга также не является препятствием для рассмотрения дела - суд самостоятельно установит его место жительства. Если работает не официально, просите установить алименты в твердой сумме, без привязки к заработной плате.