Разумеется можно. Разница будет только если автомобиль застрахован по КАСКО - в организации ремонта.
Автомобили на гарантии ремонтируются у официальных дилеров, для остальных, в абсолютном большинстве случаев - ремонт на СТОА по направлению страховщика.
Впрочем, закон об ОСАГО тоже предусматривает условия, когда страховая должна направить на ремонт только к официальному дилеру.
Условий два: с даты выпуска машины прошло менее 2 лет и наличие договора у страховой со СТОА официального дилера. Если договора нет, то вы таки можете добиться направления на ремонт к официалам, но это совершенно невыгодно - вам придётся (почти наверняка) доплатить за такой ремонт из своего кармана.
В общем, кратко, ответ на ваш вопрос - да. Наличие или отсутствие гарантии никак не повлияет на вынесение решения о самом возмещении.