Три года - этом минимальный срок работы индивидуального счета. В этот период лучше действительно не выводить деньги со счета, потому как это повлечет за собой потерю права на получение вычета. Кроме того, если вы уже успели получить вычет, то его тогда придется вернуть вместе с пенею.
А вот когда вашему счету уже исполнилось три года, то в таком случае вы можете распоряжаться вашими средствами на счету, как захотите. Можете выводит средства со счета частично, можете полностью вывести средства, тут как уже захотите. Но если вы хотите каждый год получать налоговый вычет, то вам нужно обязательно пополнять свой счет на определенную сумму. Если желаете получать максимальный размер вычета, то счет следует пополнять ежегодно на 400 000 рублей. Также рекомендую вам этот материал: