Можно ли отдельно выставлять цену за диагностику и сборку оборудования (разборка производится с целью детальной диагностики)?

Можно все. Если задача в том, чтобы заставииь клиента заплатить за диагностику – да, пусть платит. Его право с этим не согласиться и уйти от вас к другому производителю работ.

Главное, чтобы в договоре и счете должна быть отражена цена диагностики и ремонта доих осуществления, а также иные обязательные условия, предусмотренные:

• Постановления Правительства РФ от 15.08.1997 N 1025 (ред. от 04.10.2012) «Об утверждении Правил бытового обслуживания населения в Российской Федерации» и
• ст. 10 ФЗ «О защите прав потребителей».

В договоре можете указать , что диагностика стоит столько-то, а цена ремонта определяется после диагностики и согласуется с клиентов письменно в виде дополнительного соглашения с клиентом. После письменного согласования с клиентов вопроса цены ремонта, делаете уже ремонт, а счет уже финализирует вашу предварительную договоренность, зафиксированную в договоре на оказание услуг.

Так что, Законы не содержит запрета в одном договоре на оказание услуг указать две и более услуги.

Вообще, «отдельно» всё описывается всегда с целью исключить последующие разногласия между сторонами договора - чем подробнее и «отдельнее», тем проще потом предъявлять претензии и обосновывать свою позицию.