Соглашение о разделе долей оформляет нотариус. Он же может зерегистрировать такую сделку (так удобнее). Или уже с выданным им соглашением Вы идёте в МФЦ и регистрируете такую сделку (переход права) самостоятельно. Через нотариуса регистрировать проще и надёжнее. Оформлять на деление долями только через нотариуса.