Здравствуйте! Вне зависимости от гражданства РФ, если Вы являетесь гражданином Молдовы, то паспорт этой страны является Вашим полноценным документом, удостоверяющим личность. Соответственно, он может быть использован для совершения перелёта.
При внутренних перелётах не должно быть проверок законности въезда на территорию России. Но если вдруг возникнут вопросы, то достаточно иметь в виду тот факт, что нет никаких запретов на наличие нескольких паспортов, как и на двойное гражданство, поэтому отсутствие штампа в одном конкретном паспорте — это нормальная ситуация. В крайнем случае можно объяснить сотруднику ситуацию как есть и предъявить документ от МВД России о проведении процедуры установления личности или просроченный загранпаспорт со штампом, если что-то из этого имеется. Но повторюсь, что вопросы предшествующего пересечения государственной границы находятся вне компетенции сотрудников службы авиационной безопасности, а также сотрудников аэропорта и авиакомпании на стойках регистрации и выходе на посадку.