Да почему бы и нет :)
Главное не забыть подставить смысловой глагол "I don't get it either", чтобы собеседнику была до конца понятна ваша солидарность. У этого выражения есть еще емкий брат близнец - "neither do I".
"do" в этом случае как бы вторит тому глаголу, что использовал ваш собеседник.