ИП, конечно, может для целей своего бизнеса построить здание и нанять персонал. Но церковью это назвать нельзя.
Церкви строят религиозные организации, их цель - совместное исповедание и распространение веры . Религиозные организации создаются только в форме юридического лица, не ИП.
Поскольку церковь - не для бизнеса, ее имущество, предназначенное для богослужения, не может уйти с молотка при банкротстве (ст. 21 закона от 26.09.1997 № 125-ФЗ "О свободе совести и о религиозных объединениях")
ИП - это способ ведения бизнеса, т.е. деятельности приносящей прибыль. В России нет возможности создавать в общественных и религиозных целях обособленную от гражданина юридическую фикцию (как бы дополнительное лицо для особой деятельности). ИП - это только для бизнеса. Церковь - это не про бизнес. Пересекаться эти понятия могут только в договорах. ИП может услуги религиозной организации оказать, пожертвование сделать.