Может ли заказчик не подписывать проект контракта если он подал не ту документацию на эл. аукцион, победитель подписал проект контракта?

Если планировалось провести закупку одного товара (работ, услуг), а по документам в ЕИС прошла закупка другого товара (работ, услуг), то заключать контракт вы не имеете права.

Решить этот вопрос можно только подачай жалобы в УФАС (сами на себя или ваш вышестоящий орган на вас) с требованием отмены закупки.

Участники в таком случае могут подать на заказчика в суд в связи с понесенными расходами.