Не всякая математическая операция над химическими уравнениями отражает реальное поведение веществ.
В частности, если вы возьмёте чистый HCl при обычных условиях, это будет газ, состоящий из отдельных молекул HCl, никаких ионов в нём не будет. И его реакция с твёрдым NaOH будет именно взаимодействием целой молекулы HCl с ионом OH- (который в твёрдом NaOH тоже не совсем настоящий, но для целей данного вопроса его можно считать существующим).
Если же вы будете хитрым и предложите HCl охладить до жидкого состояния, то какая-то степень диссоциации там скорее всего будет, но опять же вместо H+ возникнут ионы [H2Cl]+.
При этом нельзя сказать, что ионы H+ совсем уж невозможно получить. В газовой фазе оторвать электрон от атома водорода вполне можно. В Большом адронном коллайдере например занимаются разгоном протонов, которые с химической точки зрения как раз и являются изотопно чистыми ионами H+. Но такой ион в чистом виде проживёт ровно до первого столкновения с другой молекулой. Поэтому внутри ускорительного кольца БАК организуется максимально доступный для современных технологий уровень вакуума.