Может, но крайне незначительно.
Следует понимать, что продукция нефтяных и газовых пластов никогда не добывается вся полностью, на 100%. Для нефтяного пласта в России коэффициент нефтеизвлечения не превышает 0,3-0,37 (то есть, физически возможно добыть не более 37% нефти, содержащейся в пласте). Именно этот объём заполняют водой с поверхности для поддержания пластового давления.
Однако, необходимо учитывать, что скважины крайне редко и и очень недолго дают чистую нефть. Обычно с нефтью добывается и вода, как ранее находившаяся в пласте (там её огромное количество), так и закачиваемая с поверхности. И содержание воды в добываемой жидкости (обводнённость) может достигать 90% от объёма дебита скважины. Именно в таком режиме сейчас работают крупнейшие месторождения в Западной Сибири, по сути гоняя воду по кругу из добывающих скважин в нагнетательные, и добывая при этом относительно небольшой объём нефти (относительно добытой жидкости).
Так что, проблемой влияния нефтегазодобычи на водный баланс планеты можно смело пренебречь.