Может ли арендодатель квартиры обратиться в суд на арендатора, если арендодатель не платил налоги за сдачу квартиры?

Да, наймодатель вправе подать исковое заявление в суд для отстаивания своих прав в споре с нанимателем, даже если не уплатил налоги с полученного дохода. Налоги и ваше право на защиту своих интересов в суде никак не связаны.