Могут ли поисковые системы поместить сайт в чёрный список?

Да, поисковая система может применить к сайту санкции, или говоря простым языком, "поместить его в черный список". При этом санкции могут быть как ко всему ресурсу, так и к отдельным разделам, а также страницам.

Основные причины попадания под фильтр

• Механическое продвижение (черное SEO). При любом виде накрутки, поисковая система жестко карает ресурс и тот попадает в бан.
• Некачественная ссылочная масса. Ряд алгоритмов поисковых систем направлен на поиск некачественных SEO-ссылок у ресурса. К таким ссылкам относятся url с различных бирж, низкоторастовые и спамные сайты. За подобное нарушение также может быть наложен фильтр (бан)
• Автоматическое продвижение. Ряд ресурсов предлагают использовать автоматическое продвижение, в основу которого лежит все также работа с ссылочным профилем. К сожалению, ссылки в таких сервисах все низкотрастовые и спамные, а значит автоматичекое продвижение это прямая дорога под фильтр
• Переоптимизация и переспам. Прописывая метатеги, или проставляя внутреннюю перелинковку можно переусердствовать и попасть под санкции поисковой системы за переспам. Поэтому следите, чтобы заголовки были естественными (а не напичканными ключами), перелинковка в не большом количестве и по смыслу. Наказание, как правило, касается непосредственно самого конечного url'a а не всего сайта.
• Заимствованный контент. За копирование чужого контента поисковая система может нивелировать позиции страницы в выдаче. В при массовом копировании под пессимизацию может попасть целый раздел, а иногда и сайт

Работая над развитием сайта попасть в черный список поисковой системы крайне сложно. Главное не прибегать к помощи различных сервисов, не использовать накрутки и не копировать контент у других сайтов. И помните, у молодых ресурсов отсутствие позиций в выдаче обусловлено не санкциями поисковых систем, а банально "песочницей", не пускающей новые ресурсы в выдачу по частотным запросам