В пункте 3 Правил регистрации автомототранспортных средств и прицепов к ним в ГИБДД МВД РФ указан исчерпывающий перечень оснований для отказа в проведении регистрационных действий с транспортным средством. Задолженности по уплате транспортного налога в этом перечне нет, так что это не может стать причиной для отказа в постановке автомобиля на учет.
Уплата налогов и регистрация автомобиля никак между собой не связаны, одно на другое не влияет.