Можете, если переноска вместительна для нахождения в ней одновременно двух котов и морально-психологическая совместимость этих котов допускает такое "сожительство".
Однако надо понимать, что в поезде дальнего следования животным придется как-то справлять естественные надобности и ответственность за их немедленное устранение будет лежать исключительно на Вас.