Саша, получение вычета со стоимости приобретенного жилья никак не влияет на расчет налога при его продаже.
Вопрос сформулирован очень кратко, нужно понимать, по какому договору приобретена квартира. Например, по квартирам, приобретенным по договору долевого участия/дог. переуступки сейчас работают новые правила определения срока владения. Об этом подробно расписывала здесь.
Если даже с учетом этих вводных срок минимального владения не истек, то рассчитываем налог следующим образом:
Налог считается с разницы по ставке 13% (для резидентов РФ).
Если Вы никогда не пользовались правом на получение налогового вычета при приобретении жилья, то можно одновременно будет заявить о нем, таким образом либо снизить налоговую нагрузку, либо вообще не платить налог. Вычет можно заявить либо по новому жилью (если что-то приобретено в том же календарном году), либо по той квартире, которую продаете.