Есть много разных методов исследования на Хламидии.
РИФ (реакция иммунофлюоресценции) - метод выявляет свечение в темнопольной микроскопии при окраске мазка флюоресцентными красителями. Он не очень достоверен, так как субьективен (один врач видит свечение, другой - нет).
Иммунологические методы - выявление антител к хламидиям.
Молекулярно-биологические - Полимеразная Цепная Реакция, выявляет ДНК возбудителя.
Так как Хламидии являются Простейшими, они не растут на простых питательных средах, их нельзя культивировать. Видимо, вы сдавали мазок РИФ. Так как метод иммунологический и молекулярно-биологический (из крови) более точный, возможны несовпадения результатов.