Виктория, здравствуйте. Отец вашего ребенка каких-либо прав на вашу квартиру не будет иметь в силу закона. Потому что материнский капитал обязывает выделять долю только супругу. Это положение не распространяется на сожителей.
Уж простите за такое паршивенькое название, но российское законодательство не содержит такого понятия как "гражданский брак".
Здоровья вам