Магистратура: во сколько ВУЗов можно подавать документы? Можно ли сдавать экзамены в одном ВУЗе и на бюджет и на коммерцию?

Можно подавать в любое количество ВУЗов.

Законодательство и Правила приёма никак не ограничивают количество таких вузов.

(с сайта Вышки)

Подавать документы в том или ином ВУЗе можно как на бюджет, так и на коммерцию.