Насколько помню, в том инциденте погибли только Люди Икс. Если говорить о мутантах в целом, здесь виноват специальный ген, который внедряли в еду. Он подавлял способности мутантов и влиял на их популяцию. Они попросту перестали рождаться.
В фильме были показаны приступы Чарльза, и упоминался инцидент в Уэстчестере, тогда у Чарльза случился приступ, который и погубил всех мутантов.