Главное, чтобы была аккредитация ВУЗа и он выдавал диплом гособразца. И зависит, какое направление там будете изучать. И в зависимости от того, какую цель после окончания ВУЗа вы потом ставите. Если в планах работа в хорошей компании и на соответствующей должности, которая имеет в себе аккредитацию или лицензирование, то тогда только госВУЗ. Если рассматривать качество обучения/знаний, то негосударственные предоставлены в некотором роде самим себе и "по своему" ведут учебный процесс.