Должностной инструкции может и не быть вообще (обязательным кадровым документом она не является). Поэтому в случае с директором можно прописать все его трудовые функции, а также права и обязанности в трудовом договоре. Таким образом учредитель может обозначить свои конкретные требования к назначаемому им руководителю юридического лица.
Если же идти по пути оформления должностной инструкции (в дополнение к трудовому договору), то здесь волю учредителя не проявить уже никак: должностная инструкция является внутренним кадровым документом, а потому утверждается директором (даже в отношении самого себя).
Должностную инструкцию директора утверждает сам директор, если иного не прописано в уставе ООО. Также допускается работать без должностной инструкции так таковой.
Два варианта:
1) Учредитель утверждает либо полномочия в уставе, либо лицо которое прописывает эти полномочия;
2) Самый популярный вариант, так как устав чаще всего стандартный - полномочия и должностные утверждает сам директор.