Смотря какая организация, если это ООО или ИП(розница), то обычно это делает бухгалтер или нанимают стороннего специалиста или организацию(квартально). Если это производитель(спирт, пиво), то опять же или бухгалтер или ответственное лицо назначается руководством(допустим, тот кто занимается отгрузкой в системе(в вашей программе) и т.д. Вариантов много).