Росаккредитации и Федеральной таможенной службы налажено тесное взаимодействие и если ФТС подтверждает что груз ввезен с нарушениями, то сертификат или декларация аннулируются. Также Росаккредитация проводит свой внутренний контроль, и если документ оформлен неправильно (а при ввозе карго у заявителя нет в наличии обязательных документов, которые должны быть предоставлены для сертификации), его аннулируют. Заявитель при этом может быть оштрафован. Помимо этого, проверка может быть со стороны Роспотребнадзора, если кто-то из покупателей пожалуется на качество товара.