В основном причин три.
Как было сказано выше, во-первых, это годовая (по закону - не реже) инвентаризация для отчётности.
Во-вторых, как, опять же указано в предыдущем ответе, - это форс-мажорное событие: пожар, кража и т.п.
В третьих, - наиболее распространённый случай, - это несоответствие данных в учётной системе фактическому запасу. Например, на складе числится 100 единиц товара А, клиент хочет их забрать, но при комплектации заказа обнаружено отсутствие или значительно меньшее количество товара.
Есть и четвёртая причина, несколько реже встречающаяся. Это непрерывный контроль и актуализация данных. То, что иногда называют "ползучей инвентаризацией".
Вообще, существует несколько видов инвентаризации.