Да, серверные языки программирования, на которых пишутся сайты имеют доступ к IP адресу пользователя, пример:
PHP - $_SERVER['REMOTE_ADDR']
Ruby - request.remote_ip
...
В основном IP адрес всех посетителей сохраняется в логах, а используя библиотеки или сторонние сервисы, по IP можно определить местоположение пользователя (приблизительно). Также при посещении сайта, он может запросить через браузер точное местоположение (Вы имеете право отказать в доступе).
Со всеми этими данными администратор имеет возможность делать все, что хочет - сохранять и анализировать, если Вы не хотите этого - используйте качественные прокси или VPN