В архиве.
Если Вы говорите о русской классике, то почти наверняка это архив Института русской литературы РАН (Пушкинский дом). Вот ссылка на сайт (страница архива)
Замечу только, что, хотя само произведение может быть и в общественной собственности, но вот услуги по копированию рукописи произведения могут быть и платными. Что объяснимо, если вспомнить, что рукописи, как-никак, не вечные.
Поэтому обычно все такие издания делаются "по изданию". Берется предыдущее издание, копируется текст, и печатается со ссылкой: "печатается по изданию" и т.д. Замечу только, что само произведение может быть в общественном достоянии, но вот на издание (комментарии, художественное оформление и пр.) авторское право может и сохраняться.