Эндотелиальные клетки сосудов имеют рецептор АПФ2 (ACE2), поэтому коронавирус SARS-CoV-2 может заражать эти клетки. S-белок коронавируса нарушает в эндотелиальных клетках экспрессию соединительных белков эндотелия и изменяет паттерны взаимодействия соединительных белков (SARS-CoV-2 Spike Protein Induces Degradation of Junctional Proteins That Maintain Endothelial Barrier Integrity). Те же эффекты характерны и для многих других белков SARS-CoV-2 (Effect of SARS-CoV-2 proteins on vascular permeability). В результате нарушается целостность эндотелиального барьера, в следствие этого увеличивается синтез цитокинов и коагулянтов, что способствует формированию тромбов в той или иной степени.