Добрый день!
В стаж, который дает право на ежегодный отпуск, включаются периоды отпуска без сохранения заработной платы, но не более 14 календарных дней в течение рабочего года (Московская Госинспекция труда письмо от 04.06.2020 № 77/10-20669-ОБ/18-1299).
В вашем случае сотрудник явно отдыхал за свой счет более 14 дней, это значит, что окончание рабочего года нужно сдвинуть на число дней отсутствия работника.